Alfredo Arias dejó el banquillo de Junior tras 413 días en el cargo, pese a haber ganado dos títulos de Liga de manera consecutiva, porque el mal arranque del segundo semestre de 2026 y varias eliminaciones en otros torneos terminaron pesando más que el bicampeonato. El entrenador uruguayo de 67 años se fue después de dirigir 74 partidos y de convertirse en el primer técnico en la historia del club que conquistó dos estrellas en sus dos primeros semestres.
La salida se produjo con un equipo que todavía no había conseguido victorias en la Liga II-2026. Junior sumaba dos empates y tres derrotas en sus primeros cinco partidos, y la eliminación ante Barranquilla FC en la fase 1B de la Copa Colombia profundizó la presión sobre el cuerpo técnico.
Aunque la versión oficial de su salida apunta al rendimiento deportivo, algunos rumores de prensa indican que las declaraciones de Arias en la última rueda de prensa fueron el detonante para que los directivos liquidaran el contrato del uruguayo.

En su intervención pública, Arias defendió su continuidad con un argumento centrado en los resultados y en su situación contractual. “Tengo contrato, tengo trabajo. Agradezco que me trajeron. Creo que he hecho un trabajo serio, creo que he sido honesto, creo que soy digno”, dijo el entrenador.
El técnico también reivindicó el peso de los dos campeonatos obtenidos en un lapso de un año “Cuando yo llegué había diez títulos en 101 años, ¿verdad? cada 10 años, un título. En un año gano dos”, estas fueron las palabras que no fueron bien recibidas por Los Char.
El paso de Arias por el club comenzó el 12 de julio de 2025 con una victoria 2-0 ante Deportivo Cali en Palmaseca, por la primera fecha de la Liga II-2025. Su último partido fue el 29 de agosto de 2026, con empate 1-1 frente a Santa Fe en el estadio Romelio Martínez, por la octava jornada de la Liga II-2026.

En la Liga dirigió 58 partidos, con 28 victorias, 14 empates y 16 derrotas. En la Copa Colombia estuvo al frente de ocho encuentros, con dos triunfos, cuatro empates y dos caídas.
Su registro en la Superliga fue de dos partidos, con un empate y una derrota. En la Copa Libertadores comandó seis encuentros, con una victoria, un empate y cuatro derrotas, para un balance total de 31 triunfos, 20 empates y 23 derrotas en 74 partidos.
El principal respaldo estadístico de su gestión fueron los títulos de la Liga II-2025 y la Liga I-2026. Esa secuencia lo convirtió, de acuerdo con el diario, en el primer entrenador de Junior que logró un bicampeonato en sus dos primeros semestres al frente del equipo.